Olá, Georges.
No Paratext, você pode ter apenas um interlinear por idioma, mas quantos interlineares quiser, desde que sejam de idiomas diferentes. Por exemplo, você poderia ter um interlinear de glosas em francês, uma retrotradução para o inglês, etc.
Se entendi corretamente, a mensagem aparece porque você já configurou um interlinear baseado no francês. Seria o interlinear de glosas com o texto do modelo LSG. Imagino que a mesma mensagem pergunte se você deseja substituí-lo pela sua nova configuração (interlinear NVS) ou manter a configuração anterior em francês (Glosas com LSG).
Saudações,
Pepe.