Quando uma nota está sendo editada, o texto é exibido como HTML. Quando a nota é salva, esse HTML é convertido em XML e, às vezes, a conversão falha. O Paratext tenta preservar o máximo de formatação possível, mas, no pior dos casos, manterá apenas o texto.
Não tenho certeza do que causa algumas das estruturas inesperadas no HTML. Pode estar relacionado à colagem de conteúdo de outras fontes, mas deve haver outras causas também.
Temos alguns bugs relacionados a isso em nossa lista de "tarefas a fazer", então estaremos tentando melhorar nossa conversão de HTML => XML.