К сожалению, по моему опыту, заметки не очень хорошо работают с модулями Библии. Основная проблема в том, что заметки были разработаны для привязки к нумерованным стихам, тогда как в модулях Библии обычно нет стихов, и заставить эти заметки оставаться на месте сложно. Как вы и сказали, также, похоже, невозможно видеть флаги заметок в стандартном режиме спецификации (единственном редактируемом режиме). Один из возможных способов работы — держать окно заметок («Инструменты: Список заметок» / Tools: Notes list) открытым рядом с окном проекта. Окно заметок должно быть установлено в режим «Текущая книга» (current book). По крайней мере, таким образом все заметки можно будет увидеть вместе с выделенным жирным шрифтом текстом, на который ссылается каждая отдельная заметка, даже если флаги, скорее всего, будут находиться не в том месте.
В зависимости от вашего рабочего процесса, возможно, лучше поместить, например, историю о Ковчеге Ноя в XXB, по крайней мере, пока большинство обсуждений по Ковчегу Ноя не будут урегулированы. Когда с Ковчегом Ноя будет все в порядке, вы сможете позже скопировать текст в XXA, если захотите, чтобы все было в одном месте.
Unfortunately my experience is that notes don’t work very well with Bible modules. The main problem is that notes were designed to be tied down to numbered verses, whereas in Bible modules there usually aren’t verses and it is difficult for those notes to stay attached. As you say, it also doesn’t seem possible to see the note flags in standard specification view (the only view that is editable). One possible way of working is to have the notes window (“Tools: Notes list” ) open side-by-side with the project window. The notes window should be set to “current book”. At least that way all the notes can be seen along with the bolded text to which each individual note refers to, even if the flags will likely all be in the wrong place.
Depending on your workflow it might be better to put e.g. Noah’s Ark in XXB, at least until most discussions about Noah’s Ark have been resolved. Once Noah’s ark is sorted you could later copy the text into XXA if you wanted it all in one place.