Desafortunadamente, mi experiencia es que las notas no funcionan muy bien con los módulos de la Biblia. El problema principal es que las notas fueron diseñadas para estar vinculadas a versículos numerados, mientras que en los módulos de la Biblia generalmente no hay versículos y es difícil que esas notas permanezcan adjuntas. Como dices, tampoco parece posible ver las banderas de las notas en la vista de especificación estándar (la única vista que es editable). Una posible forma de trabajar es tener la ventana de notas ("Tools: Notes list") abierta junto a la ventana del proyecto. La ventana de notas debería estar configurada en "current book". Al menos de esa forma se pueden ver todas las notas junto con el texto en negrita al que se refiere cada nota individual, aunque es probable que las banderas estén todas en el lugar equivocado.
Dependiendo de su flujo de trabajo, podría ser mejor poner, por ejemplo, el Arca de Noé en XXB, al menos hasta que la mayoría de las discusiones sobre el Arca de Noé hayan sido resueltas. Una vez que el Arca de Noé esté resuelto, podría copiar el texto a XXA más tarde si deseara tenerlo todo en un solo lugar.
Unfortunately my experience is that notes don’t work very well with Bible modules. The main problem is that notes were designed to be tied down to numbered verses, whereas in Bible modules there usually aren’t verses and it is difficult for those notes to stay attached. As you say, it also doesn’t seem possible to see the note flags in standard specification view (the only view that is editable). One possible way of working is to have the notes window (“Tools: Notes list” ) open side-by-side with the project window. The notes window should be set to “current book”. At least that way all the notes can be seen along with the bolded text to which each individual note refers to, even if the flags will likely all be in the wrong place.
Depending on your workflow it might be better to put e.g. Noah’s Ark in XXB, at least until most discussions about Noah’s Ark have been resolved. Once Noah’s ark is sorted you could later copy the text into XXA if you wanted it all in one place.