При запуске PTLive Paratext обеспечивает, чтобы у всех пользователей были одинаковые данные. Однако единственными файлами, которые PTLive синхронизирует между пользователями, являются файлы книг Писания. При изменении любых других данных в Paratext вам нужно обращаться с ними так, как при обычном S/R (Send/Receive, Отправить/Получить), — то есть не позволять нескольким людям редактировать одни и те же вещи одновременно (как, похоже, вы и делаете). Команда Exchange All Files (Обмен всеми файлами) по сути заставляет всех пользователей, участвующих в сессии PTLive, выполнить автоматический цикл S/R (со всеми файлами), чтобы у всех снова были одинаковые данные. Таким образом, команда Exchange All Files необходима только тогда, когда вы хотите, чтобы все видели одни и те же данные.
Поскольку проект заметки хранятся в отдельных файлах (как вы и отметили), всем безопасно редактировать/создавать заметки во время сессии PTLive.
When starting PTLive, Paratext will ensure that all users have the same data. However, the only files that PTLive keeps in sync between users are the ones for the Scripture books. When changing any other data in Paratext, you will need to treat it as you would when doing normal S/Rs - i.e. don’t allow multiple people to edit the same things at the same time (as you seem to be doing). The Exchange All Files command is basically like forcing all users involved in the PTLive session to do an automatic round of S/Rs (with all files) so that everyone again has the same data. So, the Exchange All Files command is only necessary when you want everyone to be seeing the same data.
Since project notes are stored in separate files (as you have noted), it should be safe for everyone to edit/create notes during a PTLive session.