Да, Paratext 9 отображает указанные функции OpenType, но графический интерфейс для выбора/указания функций сломан?? (Подробнее здесь... редактирование списка функций доступно в PT Lite!)
Несколько лет назад шрифты SIL версии 6 — Charis, Gentium, Andika, Doulos — перешли с Graphite на OpenType для доступа к функциям шрифтов, или «альтернативным глифам». С тех пор список выбора функций шрифтов в Paratext работает для версии 5 любого из этих шрифтов, но если на вашей системе установлена версия 6, кнопка «Выбрать» (Choose) неактивна, как на скриншоте.
Однако я решил проверить свой собственный проект Paratext. Я был удивлён, увидев, что коды OpenType для LiteracyAlternates=off и GlottalStop=large уже введены в текстовое поле функций шрифтов, как показано на скриншоте. Эти функции корректно отображаются в моих проектах Paratext — в PT9, а также в PT Lite — Android и --Desktop-Linux. Однако, к удивлению, я не могу отредактировать показанный список функций в PT 9, ни добавить спецификации функций в другие проекты. Мои выбранные функции просто «присутствуют и работают» в PT9.
Paratext Lite (бета-версия для настольных систем Linux), однако, предоставляет самый удобный графический экран редактирования функций шрифтов OpenType, который я когда-либо видел — гораздо лучше, чем в LibreOffice! Поздравляем команду PTLite!
Настройки языка в PT9:

Настройки языка в PTLite > Редактировать функции шрифтов (фрагмент):

Yes, Paratext 9 displays specified OpenType font features, but the GUI for selecting/specifying features is broken?? (Details here... editing the feature list is available in PT Lite!)
A few years ago version 6 of the SIL fonts--Charis, Gentium, Andika, Doulos--switched from Graphite to OpenType for accessing Font Features, or "alternate glyphs." Since then Paratext's Font Features selection list works for v. 5 of any of these fonts but if your system has v. 6 the "Choose" button is greyed out, as in the screenshot.
However, I decided to check out my own Paratext project. I was surprised to see the OpenType codes for LiteracyAlternates=off and GlottalStop=large already typed into the Font Features text box, as the screenshot shows. These features are displaying correctly in my Paratext projects--in PT9 and also in PT Lite--Android and --Desktop-Linux. Surprisingly though, I can not edit the pictured feature list in PT 9, nor add feature specs into other projects. My feature choices are just "present and working" in PT9.
Paratext Lite (Beta version for Linux desktop), however, provides the easiest-to-use OpenType graphical font feature editing screen that I've seen--much better than LibreOffice! Kudos to the PTLite team!
PT9 Language Settings:

PTLite Language Settings > Edit Font Features (snippet):
