Предположение: некоторые символы были введены в «разложенной» форме (отдельные гласная и назализация), а другие — в «составной» форме. Это могло произойти из-за разных настроек клавиатуры на разных компьютерах или даже из-за обновления клавиатуры (или операционной системы) между работой над одной книгой и следующей.
Вы можете доказать, что дело не просто в другом шрифте, напечатав Бытие и Левит в одном документе, в этом случае в одной книге должны быть странные белые прямоугольники (технически называемые «тофу», по-видимому), а в другой — то, что вы ожидаете.

Вы также можете получить некоторую точную информацию, посмотрев файл журнала (выберите полный вид, вкладка View+Edit, а затем подвкладка журнала XeTeX), где, как я ожидаю, вы увидите что-то вроде этого в нижней части журнала:

На этом этапе поиск и замена, вероятно, станут вашими друзьями, но есть и другие решения, при которых файлы Paratext остаются неизменными, и вы просто исправляете это для печати.
A guess: some of the characters have been entered in ‘decomposed’ form (separate vowel and nasalisation), others with ‘composed’ form. That might come about from different keyboard settings on different computers, or even the keyboard (or operating system) getting updated between you working on one book and the next.
You could prove that it’s not just a case of a different font by printing Gen and Lev in the same document, in which case one book should be with strange white rectangles (technically called tofu, apparently), the other with what you expect.

You can also get some precise information by looking at the log file (select full view, View+Edit tab, and then the XeTeX log sub-tab), where I expect you’ll see something like this towards the bottom of the log:

Search and replace is probably your friend at that point, but there are other solutions where the Paratext files remain unchanged and you just fix it for printing.