Quizás el archivo hyphenations.txt más pequeño se debió a que la Lista de palabras estaba filtrada para incluir menos libros en su listado.
En un proyecto que tengo, cuando hice clic en Exportar XML con la Lista de palabras mostrando todos los libros del proyecto, hubo 19068 ocurrencias de "hyphenation=" en los resultados.
Cuando modifiqué el filtro de Versículos para mostrar solo Filemón, solo hubo 259 ocurrencias.