Isso parece ser um bug.
O Paratext deveria gravar no arquivo user.config uma seção ProjectFontOverrides, mas acho que ele está gravando a sobrescrita para o nome combinado (ou seja, HEB/GRK) em vez de gravar para os projetos HEB ou GRK.
Isso pode ser corrigido editando manualmente o user.config. (mas o arquivo é um pouco difícil de encontrar)
Aqui estão algumas etapas que devem funcionar:
1. Altere a fonte do recurso. (como você já fez.)
2. Feche o Paratext.
3. Localize o arquivo user.config.
Em uma janela do explorador, navegue até c:\Users\{YOUUSERNAME}\AppData\Local\United_Bible_Societies\
Deve haver um ou mais arquivos Paratext.exe_Url_??????????.
Abra o que tiver a data de modificação mais recente.
Em seguida, deve haver uma ou mais pastas de versão. Escolha a que corresponde à sua versão do Paratext.
Abra o user.config no bloco de notas e procure por <string>HEB/GRK</string>
Altere HEB/GRK para GRK (se você estiver tentando alterar a fonte do GRK) e salve o arquivo.
4. Reabra o Paratext e a fonte do GRK deve ter sido alterada no projeto HEB/GRK.
E/ou use a opção "Enviar Feedback" para relatar o bug.
Algumas informações antigas sobre isso aqui:
https://support.bible/1585/hack-to-change-fonts-paratext-8-uses-for-resources