Estimado Pepe:
Lo intenté, pero mi experiencia es diferente. Tengo una situación similar: uno de los equivalentes de "santo" es "santus", y "Espíritu Santo" es "Espritu Santus".
Cuando conecto ambos términos con su entrada de glosario respectiva y vinculo ambos términos, PT da mensajes de error:
MAT 1:18 "Unable to link Espritu Santus. It overlaps with Santus". En MAT 1:18, no se añaden marcas \w ... \w*. Lo mismo sucede en todos los lugares. Solo hay tres excepciones, y estos son casos donde "santus" como tal aparece antes que "Espritu Santus" en un capítulo. Como solo he vinculado la primera aparición en el capítulo, la 2.ª aparición de "santus" no se marcará, por lo que cuando esa 2.ª aparición forma parte de Espritu Santus, Espritu Santus se marcará. Esto sucede, por ejemplo, en HEB 9:8 (el versículo 2 tiene Santus). Pero en todas partes donde los dos se solapan, nada se marca.