Pergunta Um: Isso não é personalizável; você precisa clicar em Sim ou Não para cada nota que abrir com a ferramenta multi.
Pergunta Dois: Você pode quase fazer isso se der um nome a um grupo de projetos e salvar esse grupo. Então, você pode simplesmente selecionar esse grupo da lista. Isso economiza algum tempo, mas não tanto quanto se o Paratext lembrasse o último grupo usado e o mantivesse como padrão.

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Pergunta 3: Se você está se referindo a como a barra de título pode ficar lotada se você compartilhar uma nota com muitos projetos, então, não, isso não é configurável pelo usuário, pelo que sei. Você deve fazer uma solicitação de recurso se isso for algo de que você precisa. Se estiver relacionado à necessidade de confidencialidade, certifique-se de mencionar isso em sua solicitação de recurso. Seria bom se a ferramenta multi pelo menos colocasse apenas os nomes curtos na barra de título.

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Se eu tiver mal interpretado algo, espero que outros deem ideias sobre como lidam com esses problemas.
Question One: This is not customizable, you have to click Yes or No for each note you open with the multi-tool.
Question Two: You can almost do this if you give a group of projects a name and save that group. Then you can just pick that group from the list. Saves some time but not as much as if Paratext were to remember the last group you used and Keeps it as the default.

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Question 3: If you are referring to how crowded the title bar can get if you share a note with many projects, then no that is not user configurable as far as I know. You should make a feature request if that is something you need. If it is related to the need for confidentiality be sure and mention that in your feature request. It would be nice if the multi-tool at least only placed the shortnames on the title bar.

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If I have misunderstood anything I hope others will give ideas how they deal with these issues.