No meu projeto atual de composição tipográfica, os possíveis pontos de hifenização são determinados principalmente por fronteiras silábicas, e não por hyphenatedWords.txt. Tais pontos são mais facilmente definidos usando uma série de regras de substituição por regex.
Lembro-me de ter visto, há alguns anos, que era possível introduzir hífens macios usando regras em changes.txt (como também pode ser feito no Publishing Assistant), mas, no PTXprint, eram necessárias algumas configurações adicionais no arquivo ptxprint-mods.tex. Mas nada do que tentei funcionou.
Vejo que, em Hifenização > Importar Lista, há uma opção acinzentada para "Adicionar palavras hifenizadas baseadas em sílabas", mas não consigo encontrar documentação sobre como habilitar e usar esse recurso.
