En mi proyecto actual de composición tipográfica, los posibles puntos de división silábica se determinan principalmente por los límites de las sílabas, no por hyphenatedWords.txt. Dichos puntos se definen más fácilmente utilizando una serie de reglas de reemplazo con expresiones regulares.
Recuerdo que hace unos años vi que era posible introducir guiones suaves usando reglas en changes.txt (como también se puede hacer en Publishing Assistant), pero en PTXprint se necesitaban algunas configuraciones adicionales en el archivo ptxprint-mods.tex. Pero nada de lo que he probado ha funcionado.
Veo que, bajo División silábica > Importar lista, hay una opción en gris para "Agregar palabras divididas silábicamente", pero no puedo encontrar documentación sobre cómo habilitar y utilizar esa función.