Olá, Prabhu.
O Paratext determina se as referências em \r devem ter parênteses ou não com base no uso consistente dentro do seu projeto. Quero dizer que não há um espaço de configuração onde você possa verificar se elas têm parênteses ou não. O programa analisa como a maioria das referências aparece: se a maioria estiver entre parênteses, ele espera que todas estejam; se a maioria não os usar, ele espera que nenhuma tenha.
Pela mensagem que você recebeu, vejo que o Paratext verifica que a maioria das referências não tem, na verdade, parênteses.
Sem informações adicionais, sugiro que você verifique todos os livros do seu projeto. Por exemplo, se você estiver trabalhando atualmente apenas no Novo Testamento, mas tiver o texto de todo o Antigo Testamento como referência, o Paratext levará em conta todos esses livros ao contar se uma referência tem parênteses ou não.
Você pode abrir o inventário de marcadores e procurar pelo marcador \r para ver rapidamente qual uso é mais comum.
Se você souber usar Regex, também pode contar os \r que começam com parênteses e aqueles que não começam, o que lhe dará a contagem que o Paratext está obtendo.
Se você tiver certeza absoluta da sua contagem de parênteses em \r, encorajo você a apresentar um relatório de erro.
Saudações,
Pepe.