Obrigado pela sua resposta. Eu esperava que houvesse alguma maneira de definir o estilo do ~ como intrapalavra, mas acho que isso não é possível.
Apenas para dar algum contexto, estas são classes de palavras onde pelo menos alguns falantes nativos as interpretam como palavras separadas -- daí o fato de haver um espaço entre elas. Mas, do ponto de vista linguístico, argumentaria que são palavras únicas, e há razões no PT para tratá-las como tal.
De qualquer forma, algumas perguntas de acompanhamento sobre a ideia de usar U223c.
1) Lembro-me de que, em algum momento no passado, ao fazer uma busca/substituição com ~, as coisas não funcionaram como eu esperava e espaços regulares foram adicionados onde eu não esperava. Do seu ponto de vista, se eu fizer uma mudança global U007e --> U223c e depois mudá-los todos de volta, isso deve retornar sem nenhuma alteração?
2) Você consegue pensar em alguma desvantagem se eu simplesmente mudasse todos os caracteres 007e para 223c (e configurasse uma regra em changes.txt para continuar fazendo isso no futuro) e só os mudasse de volta no momento da publicação (usando outra regra de changes)?