Percebo que estou chegando tarde a esta conversa, mas livros ausentes não devem causar que passagens paralelas não apareçam na ferramenta. Se isso acontecer, por favor, reporte um bug. Eu acredito que linhas \id estranhas podem causar que as coisas não funcionem.
O diálogo que define quais livros devem ser verificados para paralelismo está no menu da ferramenta PP (Parallel Passages). Pode ser uma lista diferente de livros do escopo de progresso do projeto:

No Paratext 9.2, abrir a ferramenta Parallel Passages para (ou navegar para) um livro que não está atualmente incluído no escopo de verificação de passagens paralelas, deve mostrar um banner que parece com este:

Clicando no texto em negrito no banner laranja adiciona este livro à lista de livros a serem verificados para passagens paralelas.
Se o livro não está nem no escopo do projeto, nem selecionado para verificação de PP, eu vejo isto:

Clicando no texto em negrito no banner laranja adiciona este livro à lista de livros a serem verificados para passagens paralelas e adiciona-o ao escopo geral do projeto em Project Properties.
Eu não consigo impedir que livros que fazem parte de um conjunto de paralelas apareçam na ferramenta PP. Se um livro não foi criado, não está no escopo do projeto e/ou não foi selecionado para ser verificado para paralelismo, ele ainda aparece na ferramenta para mim. A única diferença é que as referências de versículos em livros que não estão no escopo são mostradas em cinza no painel superior:

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I realise I am late to this conversation, but missing books shouldn’t cause parallel passages not to show up in the tool. If that happens, please report a bug. I can believe that funky \id lines would cause things not to work.
The dialog which defines which books are to be checked for parallelism is in the PP tool menu. It can be a different list of books to the project progress scope:

In Paratext 9.2 opening the Parallel Passages tool to (or navigating to) a book which is not currently included in parallel passage checking scope, should show a banner which looks like this:

Clicking the bold text in the orange banner adds this book to the list of books to be checked for parallel passages.
If the book is neither in project scope, nor selected for PP checking, I see this:

Clicking the bold text in the orange banner adds this book to the list of books to be checked for parallel passages and adds it to the overall project scope in Project Properties.
I am unable to prevent books which are part of a set of parallels from appearing in the PP tool. If a book is not created, not in project scope and/or not selected to be checked for parallelism, it still shows in the tool for me. The only difference is that verse references in books which aren’t in scope are shown in grey in the upper pane:

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