Sim, quando a AutoCorreção está ativa em um projeto, pode dificultar a digitação de certos caracteres. Sugiro digitar esses caracteres em outro local (talvez em um arquivo do Bloco de Notas) e copiá-los/colá-los na caixa de diálogo de busca. É importante que a pontuação seja usada de forma consistente, então, se você estiver digitando a aspa simples inteligente em vez de >, certifique-se de que a janela de substituição esteja substituindo pelo caractere correto.
Quando você tiver o inventário de pontuação aberto, deve ser possível ver uma visão de concordância dos problemas na parte inferior da janela. Dê um duplo clique em uma dessas entradas para ir ao versículo no texto e destacar o problema. Em seguida, você pode usar CTRL+h para abrir a caixa de diálogo de localizar/substituir para localizar o restante dos itens. Qualquer texto destacado quando você abrir a caixa de diálogo de busca deve aparecer na janela de busca.
Embora seja possível abrir e editar os arquivos de texto (no seu caso, arquivos .sfc), recomendo trabalhar dentro do Paratext sempre que possível. E certifique-se de fazer L/S (Localizar/Substituir) antes e depois de trabalhar nessas mudanças - pois elas podem afetar vários versículos diferentes.
Yes, when AutoCorrect is active in a project it can make trying to type certain characters difficult. I would suggest typing those characters in a different location (maybe a Notepad file) and the copying/pasting them into the find dialog. It is important that punctuation be used consistently, so if you are currently typing the smart single quote rather than >, I would make sure that the replace window is replacing with the correct character.
When you have the punctuation inventory open you should be able to see a concordance view of the issues at the bottom of the window. Double clicking on one of those entries should take you to that verse in the text and highlight the issue. You can then use CTRL+h to open the find/replace dialog to locate the rest of the items. Whatever text is highlighted when you open the find dialog should appear in the find window.
While it is possible to open and edit the text files (in your case .sfc files), I would recommend working within Paratext if at all possible. And make sure you do S/R before and after working on these kinds of changes - since they can affect a number of different verses.