La opción de puntuación (scored) (como puedes suponer por su nombre) crea un punto de sincronización cuando se alcanza una puntuación determinada (100). En su mayoría, esto es para que puedas decidir que la columna A es más importante que L o R en un políglota.
Un hecho poco divulgado es que las puntuaciones que asigna son (a) expuestas en {project}/shared/{config}/merge-normal.cfg y (b) que ese archivo, una vez generado, es EDITABLE.
Por desgracia, no se me había ocurrido antes de hoy que algunas personas podrían querer coincidir otros párrafos, pero no alinear q1/q2, etc., por lo que aún no se pueden desactivar marcadores específicos. Sin embargo, si estás dispuesto a sacrificar párrafos a mitad de versículo, puedes encontrar la línea que dice:
MIDVERSEPAR y ponerla en 0. A partir de ese momento (hasta que la vuelvas a activar o borres el archivo), no intentará sincronizar el texto en párrafos a mitad de versículo, lo que incluye muchos "\q2", supongo
