Prezado Pepe,
Tentei isso, mas minha experiência é diferente. Tenho uma situação semelhante: um dos equivalentes para "santo" é "santus", e "Espírito Santo" é "Espritu Santus".
Quando conecto ambos os termos às suas respectivas entradas no glossário e vinculo ambos os termos, o PT dá mensagens de erro:
MAT 1:18 "Unable to link Espritu Santus. It overlaps with Santus". Em MAT 1:18, nenhum marcador \w ... \w* é adicionado. O mesmo acontece em todos os lugares. Há apenas três exceções, e esses são casos em que "santus" como tal ocorre antes de "Espritu Santus" em um capítulo. Como vinculei apenas a primeira ocorrência no capítulo, a 2ª ocorrência de "santus" não será marcada, portanto, quando essa 2ª ocorrência faz parte de Espritu Santus, Espritu Santus será marcado. Isso acontece, por exemplo, em HEB 9:8 (o versículo 2 tem Santus). Mas em todos os lugares onde os dois se sobrepõem, nada é marcado.