Сообщаю о скорой поддержке арабского и других письменностей с соединением букв в следующем выпуске. Вы сможете выбирать между межбуквенным интервалом в шрифтах/письменностях (раньше это тоже было возможно, но это ломало вывод) и получать корректный интервал между буквами, которые не соединяются.
К сожалению, из-за ограничений xetex интервал не будет добавляться между символом, соединяемым справа, и другим символом, если между ними находится диакритический знак. Это не идеально, но, надеюсь, проблема не будет заметна.