Não faço ideia de por que está rodando tão devagar, mas com base na minha própria experiência, acho que o problema que você está vendo é apenas o que acontece quando o PT fica sobrecarregado. Estou usando uma máquina com Windows 11 e vejo o mesmo tipo de janela redimensionada no canto superior esquerdo, com o programa congelando por alguns segundos, sempre que estou executando outros processos ao mesmo tempo.
Suspeito que o redimensionamento esteja, pelo menos em parte, relacionado a monitores de alta resolução e fatores de escala.