Я проверил это с разработчиками реестра (registry), и оказалось, что недавняя очистка данных привела к некоторым изменениям в файле license.json. Эти изменения не влияют на статус лицензии, но Paratext сохраняет измененный файл, из-за чего проект выглядит так, будто в нем есть изменения.
Как отметил Стив, файлы, перечисленные как «Неуказанные» (Unspecified), — это не те файлы, которые редактируют пользователи.