Fui capaz de fazer uma breve investigação de alguns desses relatórios. Em um caso, o arquivo chamado "unique.id" foi alterado várias vezes nas últimas horas, em outro caso foi o arquivo "license.json". Os desenvolvedores foram notificados.
Minha avaliação é que esses arquivos são secundários, coisas com as quais apenas o Paratext "se preocupa", então o núcleo dos dados do projeto ainda está OK.