Эта загадочная ошибка теперь найдена и исправлена. В версии 2.2.51, которая должна выйти в ближайшие дни, всё будет работать так, как вы ожидаете. Спасибо, что помогаете нам улучшать инструмент, @Matt.
Как вы можете видеть ниже, на одной стороне можно иметь перекрёстные ссылки, а на другой — сноски (или любую другую комбинацию, которая вам нужна):
