Este bug misterioso agora foi encontrado e corrigido. Ele funcionará como você esperaria na versão 2.2.51, que deve ser lançada nos próximos dias. Obrigado por nos ajudar a melhorar a ferramenta, @Matt.
Como você pode ver abaixo, você pode ter referências cruzadas em um lado e notas de rodapé no outro (ou qualquer combinação que precisar):

This mysterious bug has now been found and fixed. It will be working as you’d expect in 2.2.51 which should be released in the next few days. Thanks for helping us improve the tool, @Matt.
As you can see below, you can have xrefs on one side and footnotes on the other (or any combination you need):

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