Ce bug mystérieux a maintenant été trouvé et corrigé. Il fonctionnera comme vous vous y attendez dans la version 2.2.51, qui devrait être publiée dans les prochains jours. Merci de nous aider à améliorer l'outil, @Matt.
Comme vous pouvez le voir ci-dessous, vous pouvez avoir des références croisées d'un côté et des notes de bas de page de l'autre (ou toute combinaison dont vous avez besoin) :

This mysterious bug has now been found and fixed. It will be working as you’d expect in 2.2.51 which should be released in the next few days. Thanks for helping us improve the tool, @Matt.
As you can see below, you can have xrefs on one side and footnotes on the other (or any combination you need):

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