Este misterioso error ya ha sido encontrado y corregido. Funcionará como se espera en la versión 2.2.51, que debería publicarse en los próximos días. Gracias por ayudarnos a mejorar la herramienta, @Matt.
Como puede ver a continuación, puede tener referencias cruzadas en un lado y notas al pie en el otro (o cualquier combinación que necesite):

This mysterious bug has now been found and fixed. It will be working as you’d expect in 2.2.51 which should be released in the next few days. Thanks for helping us improve the tool, @Matt.
As you can see below, you can have xrefs on one side and footnotes on the other (or any combination you need):

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