Obrigado, Dan, pela sua boa pergunta. Bem-vindo à comunidade!
Há muitas boas razões pelas quais NÃO queremos que as pessoas editem os arquivos USFM manualmente durante o processo de layout/typesetting (composição tipográfica). Portanto, o Visualizador que mostra o “USFM processado”, que é enviado para o programa de composição tipográfica (XeTeX), existe principalmente para fins de diagnóstico. Ele mostra o resultado final de todo o pré-processamento que ocorreu devido à multitude de configurações no aplicativo.
NO ENTANTO, há boas notícias: Já existe um mecanismo para fazer exatamente o que você está pedindo, automatizando-o completamente por meio de regras inteligentes de busca e substituição (chamadas Expressões Regulares, ou RegEx). Na aba avançada, há uma opção para habilitar a aplicação do arquivo PrintDraftChanges.txt ao texto.

Depois de clicar em Editar, você pode ver um arquivo com um conjunto de regras, ou talvez haja apenas um arquivo vazio no editor.
# A rule in this PrintDraftChange.txt file uses this syntax:
"Find what" > "Replace with"
Portanto, para essa tarefa de “remover cabeçalhos duplicados”, você precisará adicionar uma regra RegEx que se parecerá com esta:
"\\rem (.+?)\r?\n\\s \1\r?\n" > "\\s \1\r\n"

Se o que está acima não corresponder exatamente às suas necessidades, ajuste-o conforme necessário (por exemplo, substitua \rem pelo marcador que você tem no seu texto). Recomendo fortemente o uso de um site como regex101.com para refinar sua expressão e testar suas strings de Busca e Substituição em um subconjunto pequeno dos seus dados até que funcione.
Espero que isso ajude, mas se você ainda estiver preso, por favor, peça mais esclarecimentos.