Gerenciar "configs" é muito diferente e deve ser bastante possível ter uma config para um projeto maduro e outras para experimentação mais ativa. Dependendo de quanto tempo atrás você teve um erro onde as configurações foram perdidas, é possível que melhorias tenham sido feitas na maneira como as configs são salvas. Além disso, sei que há um novo desenvolvimento que, com sorte, facilitará o equilíbrio de múltiplas configs em um projeto no futuro.
Mas voltando a manter o texto real do PT estático, o que pareceu ser sua principal pergunta.
Aqui está o que eu faria, pois parece mais direto (para mim).
1) Crie outra pasta para projetos estáticos. Como exemplo, direi que está em c:\temp
2) Copie seu projeto XYZ para a pasta c:\temp
3) Execute o ptxprint pela linha de comando (ou crie um atalho do Windows), usando este comando: c:\Program Files\PTXprint\ptxprint.exe -p c:\temp
(note que eu não o tenho instalado no Windows no momento, então não tenho 100% de certeza de que esse é o caminho correto). Isso basicamente diz ao PTXprint para abrir dentro da pasta c:\temp em vez da pasta normal My PT 9 Projects.
4) Caso você precise que o texto real do PT seja atualizado em seu projeto de impressão, precisará copiar manualmente o(s) arquivo(s) relevante(s) de c:\My Paratext 9 Projects\XYZ para c:\temp\XYZ
Também tenha em mente que suas configs não estão mais sendo backupadas ou compartilhadas via PT Send/Receive, pois estão vivendo dentro da pasta destacada c:\temp\XYZ.
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O Passo 3) poderia ser substituído pelo seguinte, mas suspeito que simplesmente copiar a pasta inteira seria mais fácil.
a) crie um arquivo de seu projeto dentro do PTXprint
b) Execute isso uma vez para expandir o arquivo para esse diretório temporário: c:\Program Files\PTXprint\ptxprint.exe -Z archive.zip -p c:\temp
Isso provavelmente resultará em muito menos informação sendo copiada, mas possivelmente não o suficiente. Acho que, se você tiver espaço em disco, simplesmente copiar a pasta inteira seria melhor.