Gestionar "configs" es muy diferente, y debería ser bastante posible tener una config para un proyecto maduro y otras para experimentación más activa. Dependiendo de hace cuánto tiempo tuviste un error donde se perdieron configuraciones, es posible que se hayan realizado mejoras en la forma en que se guardan las configs. Además, sé que hay un nuevo desarrollo que, se espera, hará más fácil equilibrar múltiples configs en un proyecto en el futuro.
Pero volviendo a mantener el texto de PT real estático, que parecía ser tu pregunta principal.
Esto es lo que yo haría, ya que parece lo más directo (para mí).
1) Crea otra carpeta para proyectos estáticos. Como ejemplo, diré que está en c:\temp
2) Copia tu proyecto XYZ a la carpeta c:\temp
3) Ejecuta ptxprint desde la línea de comandos (o crea un acceso directo de Windows), usando este comando: c:\Program Files\PTXprint\ptxprint.exe -p c:\temp
(nota que no lo tengo instalado en Windows en este momento, así que no estoy 100% seguro de que ese sea el camino correcto). Esto básicamente le dice a PTXprint que se abra dentro de la carpeta c:\temp en lugar de la carpeta normal My PT 9 Projects.
4) Si alguna vez necesitas el texto real de PT actualizado en tu proyecto de impresión, necesitarás copiar manualmente el (los) archivo (s) relevante (s) desde c:\My Paratext 9 Projects\XYZ a c:\temp\XYZ
También ten en cuenta que tus configs ya no se están respaldando ni compartiendo a través de PT Send/Receive, ya que viven dentro de la carpeta desvinculada c:\temp\XYZ.
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El paso 3) podría ser reemplazado por lo siguiente, pero sospecho que simplemente copiar la carpeta entera sería más fácil.
a) crea un archivo de tu proyecto dentro de PTXprint
b) Ejecuta esto una vez para expandir el archivo a ese directorio temporal: c:\Program Files\PTXprint\ptxprint.exe -Z archive.zip -p c:\temp
Esto probablemente resultará en que se copie mucha menos información, pero posiblemente no suficiente. Creo que si tienes espacio en el disco duro, simplemente copiar la carpeta entera sería mejor.