Como Jan diz, o USFM trata os títulos de seção como parte do versículo anterior. O Paratext, para melhor ou para pior, segue o padrão aqui. Portanto, não tenho certeza se há uma boa solução alternativa.
Vou dizer aqui que, embora eu entenda a lógica do USFM de um aspecto técnico/lógico/de programação de computador, de um aspecto de usuário real, acho que está errado e não é útil. Acho que a inclinação natural de quase qualquer pessoa é vincular o título da seção ao versículo seguinte, e não ao anterior. Este é um dos defeitos que eu gostaria que pudesse ser corrigido na especificação subjacente.
Eu realmente questiono se, quando for fazer a impressão final, você realmente quererá que os intervalos de impressão e/ou as citações estejam presentes quando a nota de rodapé estiver em um título de seção. Em outras palavras, você realmente quer que ambos os marcadores \fr e \fq sejam adicionados a essas notas de rodapé? (Ambos são tecnicamente opcionais.)