Como dice Jan, USFM trata los encabezados de sección como parte del versículo anterior. Paratext, para bien o para mal, sigue el estándar en este aspecto. Así que no estoy seguro de que exista una buena solución alternativa.
Diré aquí que, aunque entiendo la lógica de USFM desde un aspecto técnico/lógico/de programación de computadoras, desde el punto de vista de un usuario real, creo que está mal y no es útil. Creo que la inclinación natural de casi cualquier persona es vincular el encabezado de la sección con el versículo siguiente, no con el anterior. Este es uno de esos defectos que me gustaría que se corrigieran en la especificación subyacente.
De hecho, me pregunto si, al hacer la impresión final, realmente se desearán los rangos de impresión y/o las citas presentes cuando la nota al pie esté en un encabezado de sección. En otras palabras, ¿realmente se desea que se agreguen tanto las marcas \fr como \fq a esas notas al pie? (Ambas son técnicamente opcionales).