Leí tu mensaje y pensé que podría dar algunas respuestas. Luego hice clic en el enlace... y me di cuenta de que era una pregunta que originalmente yo había hecho.
Como dijo Phil en esa otra respuesta, usar números de capítulo en el glosario rompe la herramienta de vinculación de términos bíblicos. Por lo tanto, si usas esa herramienta, definitivamente no puedes usar múltiples capítulos.
Si tu necesidad principal es simplemente la organización, usar marcadores \s1, como mencionaste, podría ser la mejor opción. Pero, como escribí en ese otro hilo, nuestro proyecto era básicamente inutilizable porque el glosario hacía que el programa fuera tan lento. Si esa es tu experiencia, entonces es posible que tengas que usar marcadores \c.
No recuerdo si esta es la circunstancia, pero sí recuerdo una ocasión en la que tuve que cerrar PT, abrir un archivo en un editor de texto y agregar capítulos manualmente. Luego, cuando volví a abrir PT, funcionó correctamente. Así que tal vez esa sea la manera de hacerlos funcionar sin que PT los elimine. Una vez que están en su lugar, nunca he tenido problemas con ellos.
No he usado imágenes en PTXprint lo suficiente como para poder comentar al respecto. Mi suposición es que usar capítulos no arreglará ni empeorará tus problemas con PTXprint.