A opção de pontuação (scored) (como você pode adivinhar pelo nome) cria um ponto de sincronização quando uma certa pontuação (100) é atingida. Em grande parte, isso é para que você possa decidir que a coluna A é mais importante que L ou R em um poliglota.
Um fato pouco divulgado é que as pontuações que ele dá são (a) expostas em {project}/shared/{config}/merge-normal.cfg e (b) que esse arquivo, uma vez gerado, é EDITÁVEL.
Infelizmente, não me ocorreu antes de hoje que algumas pessoas podem querer corresponder a outros parágrafos, mas não alinhar q1/q2 etc., então você ainda não pode desativar marcadores específicos. No entanto, se você estiver disposto a sacrificar parágrafos no meio do versículo, pode encontrar a linha que diz:
MIDVERSEPAR e configurá-la para 0. A partir desse momento (até que você a reative ou exclua o arquivo), ele não tentará sincronizar o texto em parágrafos no meio do versículo, o que inclui muitos "\q2", espero eu.
