Я просто рад, что сноски у вас действительно переносятся, это прогресс! О, на самом деле, у вас режим одной колонки, так что это могло быть исправлено ранее... Вы используете последнюю версию? (последние изменения в части сносок, относящиеся к этому, были исправлены в начале марта этого года). Если нет, пожалуйста, обновите!
Если проблема все еще есть в последней версии, продолжайте читать.
Так, есть несколько вещей, которые могут происходить, и единственный способ точно это определить — потратить около полудня на чтение множества зашифрованных файлов журнала, имея рядом открытый исходный код...
Но я могу сделать одно-два предположения....
Вы увидите, что он включает строку, нуждающуюся в сноске, а затем останавливается. Так что... по какой-то причине он решил, прочитав сноску, что страница теперь заполнена, если разбить сноску там, где он это сделал. Он может принять это решение в двух разных местах: при чтении входных данных или при расстановке текста. Если он принял решение при чтении входных данных, то для части «расстановки текста» больше нет доступных входных данных, и поэтому у вас будут пробелы.
Если проблема была во второй половине, то... э-э... я, вероятно, где-то ошибся в расчетах в коде. Также возможно, что, разместив сноску, по какой-то причине он решил, что идеальное место для разрыва страницы — сразу после, по какой-то другой причине.
Я надеюсь, что у вас нет ничего, что пытается изменить поведение сносок в вашем файле ptxprint-mods.tex. Если есть, пожалуйста, закомментируйте их. Я также надеюсь, что вы чувствуете себя смелым... посмотрите на вкладку «Дополнительно» в режиме «Полный вид», найдите «Показать хаки TeXpert» в правом нижнем углу:

а затем перейдите на новую открывшуюся вкладку. Затем у вас есть некоторые параметры, с которыми можно поиграть:
* «Улучшенные сноски с абзацами» Может помочь, я не уверен. Это флаг совместимости «делать вещи старым способом», и я, кажется, помню, что он вносит некоторые незначительные изменения и в сноски без абзацев.
* Уменьшение «Штрафа за межстрочный интервал последней сноски» сообщит коду, что ему разрешено разбивать сноску в большем количестве мест. (10000 должно означать разбивку только по абзацам). Для вашего соотношения текста и сносок вам нужно, чтобы оно было ближе к 500.
* «Коэффициент сноски для одной колонки» также можно отрегулировать. Установка его в 0 означает, что он не будет пытаться учитывать размеры сносок вообще на этапе «чтения входных данных». Это может вызвать другие проблемы, но, надеюсь, мы уже их устранили. Я бы на самом деле попробовал установить его на что-то вроде 900 (представьте, что это 90%), чтобы оно было близко к правильному, хотя исходное значение 100 (10%) по историческим причинам...
* Последняя сноска: значения widowpenalty и Last note: clubpenalty влияют на то, насколько плохим он считает разрыв перед последней строкой и после первой строки абзацев в сноске соответственно.
* Различные числа «split note», надеюсь, самоочевидны... Я не уверен, применяются ли они только к сноскам с абзацами или нет.
Если ничего из этого не поможет, то лучший следующий шаг — отправить мне архив. Я не могу пообещать, когда смогу выделить время для углубленного изучения.