Fico feliz que as notas de rodapé estejam quebrando para você, isso é um progresso! Ah, na verdade, você está no modo de coluna única, então isso pode ter sido uma correção anterior... Você está executando uma versão recente? (as últimas alterações de notas de rodapé relevantes para isso foram corrigidas no início de março deste ano). Se não, por favor, atualize!
Se o problema ainda estiver presente com uma versão recente, continue lendo.
Bem, há várias coisas que podem estar acontecendo, e a única maneira de ter certeza é gastar cerca de meio dia lendo muitos arquivos de log criptográficos com o código-fonte aberto ao lado...
Mas, posso fazer um ou dois palpites....
Você verá que ele está incluindo a linha que precisa da nota de rodapé e então para. Então... por alguma razão, ele decidiu, tendo lido a nota de rodapé, que a página agora estava cheia se ele quebrasse a nota de rodapé onde fez. Ele pode tomar essa decisão em 2 lugares diferentes: enquanto lê a entrada ou enquanto compõe o texto. Se ele tomou a decisão enquanto lia a entrada, então não há mais entrada disponível para a parte de 'composição do texto', e assim você obterá lacunas.
Se o problema estava na segunda metade, então... hmm... provavelmente cometi algum erro matemático em algum lugar do código. Também pode ser que, tendo colocado a nota de rodapé, por alguma razão ele decidiu que o lugar ideal para quebrar a página era imediatamente depois por outro motivo.
Espero que você não tenha nada tentando alterar o comportamento das notas de rodapé no seu arquivo ptxprint-mods.tex. Se tiver, por favor, comente-os. Também espero que você esteja se sentindo corajoso... dê uma olhada na aba "Avançado" na visão "Completa", encontre "Mostrar truques do TeXpert", no canto inferior direito:

e depois vá para a nova aba que abre. Então há alguns controles para você brincar:
* "Notas de rodapé paragrafadas aprimoradas" Pode ajudar, não tenho certeza. É uma bandeira de compatibilidade de "fazer as coisas do jeito antigo", e eu pareço lembrar que faz algumas mudanças menores em notas de rodapé não paragrafadas também.
* Reduzir o "Penalidade interlinear da última nota" dirá ao código que é permitido quebrar a nota de rodapé em mais lugares. (10000 deve significar quebrar apenas em parágrafos). Para o seu tipo de proporção texto-nota de rodapé, você precisa que seja mais como 500.
* "Fator de nota de rodapé coluna única" também pode ser ajustado. Definir para 0 significará que ele não tentará contar os tamanhos das notas de rodapé em nenhum momento durante a etapa de "leitura da entrada". Isso pode causar outros problemas, mas esperamos que tenhamos resolvido isso até agora. Eu realmente tentaria definir para algo como 900 (fingir que é 90%), para que esteja perto do certo, mesmo que o valor original seja 100 (10%) por razões históricas...
* Última nota: os valores widowpenalty e Last note: clubpenalty afetam o quão ruim ele considera quebrar antes da última linha e depois da primeira linha dos parágrafos na nota de rodapé, respectivamente.
* Os vários números de "split note" são esperadamente autoexplicativos... Não tenho certeza se eles se aplicam apenas a notas paragrafadas ou não.
Se nada disso ajudar, então me enviar um arquivo compactado é o melhor próximo passo. Não posso fazer promessas sobre quando poderei dedicar tempo a investigar.