¡Me alegra que las notas al pie se estén dividiendo correctamente para ti, eso es un progreso! Ah, en realidad, estás en modo de una sola columna, así que podría haber sido una corrección anterior... ¿Estás ejecutando una versión reciente? (los últimos cambios en las notas al pie relevantes para esto se corrigieron a principios de marzo de este año). Si no es así, ¡por favor actualiza!
Si el problema persiste con una versión reciente, sigue leyendo.
Bueno, hay varias cosas que podrían estar pasando, y la única manera de saberlo con certeza es pasar medio día leyendo muchos archivos de registro crípticos con el código fuente abierto a tu lado...
Pero puedo hacer una o dos conjeturas....
Verás que incluye la línea que necesita la nota al pie y luego se detiene. Así que... por alguna razón decidió, después de leer la nota al pie, que la página estaba llena si dividía la nota al pie donde lo hizo. Puede tomar esa decisión en 2 lugares diferentes: mientras lee la entrada o mientras compone el texto. Si tomó la decisión mientras leía la entrada, entonces no hay más entrada disponible para la parte de 'componer el texto', y por lo tanto obtendrás huecos.
Si el problema estaba en la segunda mitad, entonces... hmm... probablemente cometí algún error matemático en algún lugar del código. También podría ser que, después de colocar la nota al pie, por alguna razón decidió que el lugar ideal para dividir la página era inmediatamente después por alguna otra razón.
Espero que no tengas nada en tu archivo ptxprint-mods.tex que intente alterar el comportamiento de las notas al pie. Si es así, por favor coméntalos. También espero que te sientas valiente... echa un vistazo a la pestaña "Avanzado" en la vista "Completa", busca "Mostrar trucos de TeXpert", en la esquina inferior derecha:

y luego ve a la nueva pestaña que se abre. Entonces hay algunos controles para que juegues:
* "Notas al pie mejoradas con párrafos" Puede ayudar, no estoy seguro. Es una bandera de compatibilidad para "hacer las cosas a la antigua", y me parece recordar que también hace algunos cambios menores en las notas al pie sin párrafos.
* Reducir el "Penalización de interlineado de la última nota" le dirá al código que se le permite dividir la nota al pie en más lugares. (10000 debería significar dividir solo en párrafos). Para tu tipo de proporción texto-nota al pie, necesitas que sea más como 500.
* "Factor de nota al pie de una sola columna" también podría ajustarse. Establecerlo en 0 significará que no intentará contar los tamaños de las notas al pie en absoluto durante la etapa de "lectura de entrada". Eso podría causar otros problemas, pero espero que hayamos resuelto esos por ahora. De hecho, intentaría establecerlo en algo como 900 (imagina que es 90%), para que esté cerca de lo correcto, aunque el valor original es 100 (10%) por razones históricas...
* Última nota: los valores de widowpenalty y Last note: clubpenalty afectan lo malo que considera dividir antes de la última línea y después de la primera línea de los párrafos en la nota al pie, respectivamente.
* Los varios números de "split note" son hopefully autoexplicativos... No estoy seguro de si solo se aplican a notas con párrafos o no.
Si nada de esto ayuda, entonces enviarme un archivo es el mejor siguiente paso. No puedo hacer promesas sobre cuándo podré dedicar el tiempo a investigar.