Intenté replicar el problema con sus archivos, pero no lo logré. Hubo algunas variables que no pude emular del todo, por lo que aún existe cierta incertidumbre sobre si logré replicar completamente su configuración.
Quizás la próxima vez que haga un interlineal en PT, podría grabar su pantalla mostrando una instancia en la que el interlineal crea el sentido extra en FLEx. Así, al menos podríamos ver los pasos exactos que está utilizando.
O bien, avísenos y podríamos unirse a usted en línea para observar / ayudarle a investigar.