Es difícil sugerir una solución sin ver los datos. Supongo, por el mensaje, que el archivo TDX tiene más de un \ie. Debería haber solo un \ie en el archivo.
Las advertencias con \ili y \il2 simplemente significan que necesitará agregar estilos para esas marcas. No veo estos estilos listados en las plantillas de GPS.
Si el archivo TDX está configurado completamente con estilos de introducción, recomendaría eliminar la "i" de las marcas y configurarlas con los estilos normales \li y \li2. Puede reducir la fuente para ese libro si desea que el texto sea más pequeño que el normal.
