Olá.
Nesse caso, o que você está procurando é um teclado especial para a língua, e isso pode ser feito com o Keyman. Você pode pesquisar se existe um teclado para a sua língua em keyman.com, ou obter ajuda para criar um usando o Keyman Developer.
Tendo isso, você poderá usar a configuração de teclado do Paratext e ter, por exemplo, seu teclado criado no Keyman funcionando para o texto e seu teclado em inglês para as notas.
Se a sua necessidade for alterar poucos caracteres, sou da mesma opinião que Phil, de que o Autocorrect.txt seria suficiente apenas ajustando melhor a combinação.
No caso do Autocorrect.txt, é bom notar que essa não é a sua função, portanto, não atenderá a esse pedido. O propósito do Autocorrect.txt é aplicar a todos os lugares no projeto. Isso é útil, por exemplo, quando a equipe deseja usar travessões longos ou aspas de abertura, o que não pode ser alcançado diretamente com um teclado físico.
Saludos,
Pepe.