Hola.
En ese caso, lo que buscas es un teclado especial para el idioma, y esto se puede hacer con Keyman. Puedes buscar si existe un teclado para tu idioma en keyman.com, o pedir ayuda para crear uno usando Keyman Developer.
Con esto podrás usar la configuración de teclado de Paratext y tener, por ejemplo, tu teclado creado en Keyman funcionando para el texto y tu teclado en inglés para las notas.
Si tu necesidad es cambiar pocos caracteres, comparto la opinión de Phil de que Autocorrect.txt sería suficiente, simplemente ajustando mejor la combinación.
En el caso de Autocorrect.txt, es bueno tener en cuenta que no es su función, por lo que no satisfará esta solicitud. El propósito de Autocorrect.txt es aplicarse a todos los lugares del proyecto. Esto es útil, por ejemplo, cuando el equipo desea usar guiones largos o comillas de apertura, que no se pueden lograr directamente con un teclado físico.
Saludos,
Pepe.