Es difícil saberlo sin ver la disposición de tu pantalla o una captura de pantalla antes y después. ¿Estás usando Paratext 9.3? Los programas de Windows a menudo no les gusta quedarse quietos, especialmente si son pequeños, y especialmente si se cambia entre la pantalla de una laptop y un monitor.
Si solo estás usando un solo panel, podrías considerar abrirlo como una ventana flotante. Es posible que esa ventana flotante tenga más probabilidades de permanecer donde la quieras.
Como último recurso, podrías usar un programa que te permita definir regiones específicas donde quieres que se ubique una ventana. He usado Microsoft Power Toys (Fancy Zones) para crear áreas personalizadas que me permiten ajustar rápidamente las ventanas a ese lugar. Solo mantengo presionada la tecla Shift y aparecen las zonas que he creado, y puedo arrastrar mi ventana a ese lugar.