Pelo que entendi, você deve excluir o(s) projeto(s) do seu computador e, em seguida, fazer um Send/Receive para obtê-los novamente do servidor. Se você tiver alterações que ainda não enviou ao servidor, deve anotá-las em um documento do Word ou algo similar primeiro.
Parece improvável que o Paratext possa causar a travagem de todo o Windows, então estou supondo que seja outra coisa causando a travagem. Você instalou um programa de antivírus no Windows que possa estar causando problemas? O Firewall do Windows está bloqueando o Paratext?
Há cerca de um mês, eu estava tendo muitas travagens no Parallels e, em seguida, kernel panics no meu Mac. Rastreie até erros de memória causados por muita poeira no meu computador. Acho que limpar a poeira resolveu os problemas. O aplicativo Rember é uma maneira fácil de testar uma parte da memória do seu Mac. Criei um USB inicializável com MemTest86 para testar minuciosamente TODA a memória do meu Mac.