Me doy cuenta de que llego tarde a esta conversación, pero los libros que faltan no deberían causar que los pasajes paralelos no se muestren en la herramienta. Si eso sucede, por favor reporte un error. Puedo creer que líneas \id raras causarían que las cosas no funcionen.
El diálogo que define qué libros se deben comprobar para paralelismo está en el menú de la herramienta de Pasajes Paralelos (PP tool). Puede ser una lista de libros diferente al alcance del progreso del proyecto:

En Paratext 9.2, al abrir la herramienta de Pasajes Paralelos (o navegar a) un libro que no está actualmente incluido en el alcance de la comprobación de pasajes paralelos, debería mostrarse un banner que se ve así:

Haciendo clic en el texto en negrita del banner naranja, se agrega este libro a la lista de libros que se deben comprobar para pasajes paralelos.
Si el libro no está ni en el alcance del proyecto, ni seleccionado para la comprobación de PP, veo esto:

Haciendo clic en el texto en negrita del banner naranja, se agrega este libro a la lista de libros que se deben comprobar para pasajes paralelos y se agrega al alcance general del proyecto en Propiedades del proyecto.
No puedo evitar que los libros que forman parte de un conjunto de paralelos aparezcan en la herramienta de PP. Si un libro no está creado, no está en el alcance del proyecto y/o no está seleccionado para ser comprobado para paralelismo, aún así se muestra en la herramienta para mí. La única diferencia es que las referencias de versículos en libros que no están en el alcance se muestran en gris en el panel superior:

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I realise I am late to this conversation, but missing books shouldn’t cause parallel passages not to show up in the tool. If that happens, please report a bug. I can believe that funky \id lines would cause things not to work.
The dialog which defines which books are to be checked for parallelism is in the PP tool menu. It can be a different list of books to the project progress scope:

In Paratext 9.2 opening the Parallel Passages tool to (or navigating to) a book which is not currently included in parallel passage checking scope, should show a banner which looks like this:

Clicking the bold text in the orange banner adds this book to the list of books to be checked for parallel passages.
If the book is neither in project scope, nor selected for PP checking, I see this:

Clicking the bold text in the orange banner adds this book to the list of books to be checked for parallel passages and adds it to the overall project scope in Project Properties.
I am unable to prevent books which are part of a set of parallels from appearing in the PP tool. If a book is not created, not in project scope and/or not selected to be checked for parallelism, it still shows in the tool for me. The only difference is that verse references in books which aren’t in scope are shown in grey in the upper pane:

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