Sí, cuando AutoCorregir está activo en un proyecto, puede dificultar el intento de escribir ciertos caracteres. Sugeriría escribir esos caracteres en otra ubicación (quizás un archivo de Bloc de notas) y copiarlos/pegarlos en el cuadro de diálogo de búsqueda. Es importante que la puntuación se use de manera consistente, por lo que si actualmente está escribiendo la comilla simple inteligente en lugar de >, asegúrese de que la ventana de reemplazo esté reemplazando con el carácter correcto.
Cuando tenga el inventario de puntuación abierto, debería poder ver una vista de concordancia de los problemas en la parte inferior de la ventana. Al hacer doble clic en una de esas entradas, debería llevarlo a ese versículo en el texto y resaltar el problema. Luego puede usar CTRL+h para abrir el cuadro de diálogo de búsqueda/reemplazo para localizar el resto de los elementos. El texto resaltado cuando abra el cuadro de búsqueda debería aparecer en la ventana de búsqueda.
Aunque es posible abrir y editar los archivos de texto (en su caso, archivos .sfc), recomendaría trabajar dentro de Paratext si es posible. Y asegúrese de realizar B/R antes y después de trabajar en este tipo de cambios, ya que pueden afectar a un número de versículos diferentes.
Yes, when AutoCorrect is active in a project it can make trying to type certain characters difficult. I would suggest typing those characters in a different location (maybe a Notepad file) and the copying/pasting them into the find dialog. It is important that punctuation be used consistently, so if you are currently typing the smart single quote rather than >, I would make sure that the replace window is replacing with the correct character.
When you have the punctuation inventory open you should be able to see a concordance view of the issues at the bottom of the window. Double clicking on one of those entries should take you to that verse in the text and highlight the issue. You can then use CTRL+h to open the find/replace dialog to locate the rest of the items. Whatever text is highlighted when you open the find dialog should appear in the find window.
While it is possible to open and edit the text files (in your case .sfc files), I would recommend working within Paratext if at all possible. And make sure you do S/R before and after working on these kinds of changes - since they can affect a number of different verses.