Здравствуйте, в вашем проекте Paratext, в файле Settings.xml, какие значения у вас установлены для этих параметров:
AllowReadAccess
FlexIntegrationMode
Интересует, не осталось ли у вас старое значение из предыдущей версии Paratext, которое позволяло интерлинеару записывать данные в FLEx.