Como os segmentos de versículo estão inseridos nas configurações de idioma? Eles devem ser inseridos como:
a b c d e f .... (espaço após cada caractere)
Vejo que, se eu removê-los ou inseri-los incorretamente, o Paratext relata os erros que você está vendo.
Como observação, o Paratext sempre relata o primeiro problema que encontra em uma referência. Uma vez que esse problema seja corrigido, ele procurará por outros problemas na mesma referência.