Sim, agora que olho para isso, o PDFgear resolve isso rapidamente: clique no menu Editar, selecione Editar Objeto, clique com o botão direito do mouse no número de página a ser removido e selecione Excluir.
E enquanto você está no PDFgear... faça-o colocar o sumário no final também! Primeiro, clique no botão Salvar (ou Salvar Como...) para salvar a alteração do número de página acima (ele não pode reordenar páginas em um documento não salvo). Em seguida, vá para o menu Página, marque as caixas ao lado das páginas do sumário, arraste e solte-as no final da publicação e Salve novamente.