Sí, ahora que lo miro, PDFgear lo hace rápidamente: Haga clic en el menú Editar, seleccione Editar Objeto, haga clic derecho en el número de página que se va a eliminar y seleccione Eliminar.
Y mientras está en PDFgear... ¡hágalo poner el índice al final también! Primero haga clic en el botón Guardar (o Guardar como...) para guardar el cambio de número de página anterior (no puede reordenar páginas en un documento sin guardar). Luego vaya al menú Página, marque las casillas junto a las páginas del índice, arrastre y suéltelas al final de la publicación y vuelva a Guardar.