У меня были похожие мысли, как у двух других ответивших здесь, но у меня есть несколько дополнительных комментариев.
1) Если вы планируете исключить из публикации лишь несколько сносок или записей в глоссарии, то лучшим вариантом будет их полуручное удаление в момент публикации. Как сказал @Phil_Leckrone, многие инструменты публикации включают в себя возможность создания «Изменений» (Changes), где вы можете задать правило, которое будет применяться. Сюда могут входить правила вроде «удалить сноску, начинающуюся с этих определенных слов» или «удалить запись в глоссарии, содержащую этот конкретный термин».
2) Если вы думаете, что таких сносок/записей в глоссарии будет много, тогда стоит потратить время на настройку использования разных маркеров для их различения. Но, в отличие от того, что сказал @LivingField, я бы не рекомендовал использовать существующий маркер неправильно (например, \fe). Скорее, я бы создал новый маркер в custom.sty с названием вроде \zfapp или \zfprint или \z-f-app или что-то подобное (я не могу вспомнить с ходу, разрешен ли символ - в имени маркера). Начинать имя с \z — отличный способ предупредить всех о том, что «этот маркер используется нами нестандартно».
Затем, когда наступит время печати, вы можете просто установить \TextProperties publishable или \TextProperties nonpublishable, чтобы получить желаемый результат.
I had similar thoughts to the other two answers here, but have a few additional comments.
1) If you only plan on stopping a few footnotes or glossary entries from being published, then semi-manually deleting at the time of publication is the best option. As @Phil_Leckrone said, many publishing tools include some way of creating "Changes", where you can give it a rule which it applies. This can include rules like "delete a footnote that starts with these certain words" or "delete the glossary entry with this particular term in it".
2) If you think there will be a lot of such footnotes/glossary entries, then it will be worth your time to set up using different markers to differentiate. But unlike what @LivingField said, I wouldn't recommend using a pre-existing maker incorrectly (like \fe). Rather I'd create a new marker in custom.sty which is named something like \zfapp or \zfprint or \z-f-app or the like (I can't remember off the top of my head if - is allowed in a marker name). Starting the name with \z is a great way of warning everyone that "this is a marker we're using in a non-standard way".
Then, when it comes time for print, you can simply set \TextProperties publishable or \TextProperties nonpublishable to get your desired results.
